Padre-hijo-madre
Se comparan los marcadores genéticos presentes en el padre alegado, la madre y el hijo. El hijo deberá compartir la mitad de su información genética con su madre biológica y la otra mitad con su padre biológico. Estos resultados se vuelcan en fórmulas de cálculo estadístico de probabilidad de paternidad.
En los casos en que no se compartan alelos entre el padre alegado y el hijo para algunos de los marcadores genéticos analizados, se considera exclusión de la paternidad.

Padre-hijo
Se comparan los marcadores genéticos presentes en el padre alegado y el hijo. El hijo deberá compartir la mitad de su información genética con su padre biológico. Estos resultados se vuelcan en fórmulas de cálculo estadístico de probabilidad de paternidad.
En los casos en que no se compartan alelos entre el padre alegado y el hijo para algunos de los marcadores genéticos analizados, se considera exclusión de la paternidad.

Madre-hijo
Estudio de maternidad: se comparan los marcadores genéticos presentes en la madre alegada y el hijo. El hijo deberá compartir la mitad de su información genética con su madre biológica. Estos resultados se vuelcan en fórmulas de cálculo estadístico de probabilidad de maternidad.
En los casos en que no se compartan alelos entre la madre alegada y el hijo para algunos de los marcadores genéticos analizados, se considera exclusión de la maternidad.

Paternidades prenatales
Estudio a partir de biopsia de vellosidades coriales en el primer trimestre de embarazo. El material de vellosidad corial presenta en su adn las características genéticas del bebe.

Abuelismos
En casos de filiación en ausencia de alguno de los progenitores, se puede estudiar la probabilidad de vinculo biológico con los padres del padre alegado ausente.

Casos forenses
A partir de restos óseos, manchas de semen, sangre seca o cualquier tejido del padre alegado fallecido
Estos estudios se realizan también para conocer la identidad de sospechosos en actos delictivos.

Análisis del cromosoma Y
Permite estudiar la línea paterna. Para los estudios de paternidad en ausencia del padre, durante los últimos años se han desarrollado sistemas de marcadores genéticos alternativos que permiten estudiar con mucha precisión la probabilidad de vínculo biológico entre familiares del padre alegado fallecido y el hijo reclamante.
Para estudiar línea paterna con familiares del padre alegado, se utiliza el estudio de marcadores del cromosoma y.

Reconstrucción del genotipo paterno a partir de hijos biológicos
Cuando el padre alegado se encuentra ausente, es posible reconstruir la genética del mismo estudiando a sus hijos biológicos.